Hendes Majestæt Dronning Margrethe har været Sofieskolens protektor siden 1968. På dette tidspunkt påtog Majestæten sig protektoratet som tronfølger, Hendes Kongelige Højhed Prinsesse Margrethe. Dronningen har besøgt Sofieskolen ved flere lejligheder, bl.a. ved Sofieskolens 50-års jubilæum.
